Added progress information for the search

Basic implementation of threaded sorting

Assumes the caller calles join() to wait for all threads to end.

Initial thread infrastructure and test

More help output

License and minor installation instructions

Only build tests if we have cppunit available

Check for TR1 or Boost

The build system now checks for TR1 or Boost for a shared_ptr implementation
instead of assuming that TR1 is present.

Make it possible to build statically against the included fann library.

Now checks to see if fann is installed on the system. If fann is installed
it will link dynamically to this library, otherwise a static library will
be built and linked with.

add an option to print the permutation

Introduce -i for only identifying the model, excluding sorting.

changed name to GERMS

more ignores

Small optimization in sort()

safeActions() is guaranteed to only return actions that reduces the inversion
distance by one, so we don't have to compute the inversion distance at
each step.

Only headers and exclude tests + minor report update

Added a Whirl model, which favors reversals, instead of using the standard

DOC: more doxygen documentation

bad testcase

BUGFIX: forgot to set parent to 0 on child when removing parent node

Added more doxygen documentation

added .gitignore files

calculate the proper distance, with hurdles

shortBranches

have all tests enabled

count leaves

make the componenttree a minimal unoriented tree

more complete test

inital commit of componenttree with associated changes

updated comments

possible to chose a model

modelFactory method, to help create models

scoring function for Zipper model

don't really need print the gene order

calculate the avg score for the model

some comments

give access to reverse action members, and calculate symmetric score according to Ajana et al.

a little more refactoring, name might just as well return const char* since it's a string constant, also score now takes a gene order too

genesorter now uses models to score actions, specific actions are now derived from SortActionImpl instead of SortAction, the latter is just an empty shell now

started a refactoring with Model class to score different sort actions

had a nice idea

Only show models with positive score, and convert the enum to strings

adding command line options

a little performance tuning

don't print as much

toString for actions

better main program

cast to size_t instead of asuming unsigned long

added a test case with hurdles

renamed a function and removed some debug output

sorting without hurdles seems to work

minor change

good to have a inversion distance function

minor things

nicer with size_t for cycles, they can't be negative anyway

copy constructor and assignment constructor

better if SortAction takes care of the shared_ptr, makes other code easier

we need a list of smart pointers

setting up things for implementing the sorting

ModelIdentifier::identify implemented and passes test

initial commit of the modelidentifier files

a little cleanup and minor fix

findComponents implemented and passes test

Forgot to update the comment

findIntervalsAtPoitns is now O(n)

findIntervals is now O(n)

moved a function and added comment

first point in points is now a dummy so indexes matches points

countCycles implemented and passess test

better use debug information at this stage

findIntervalAtPoints implemnted and passes test

findIntervals implemented and passing test

adding countCycles, findComponents, findIntervals declaration, with initial tests

longest increasing and decreasing subsequences

robinson schensted algorithm implemented

more documentation

GeneOrder::reverse implemented

some cleanup, documentation, begin() and end() methods

cmake testing

qt tester optional

need the dir too

library path is good

assignment works

copy constructor works

constructor for GeneOrder done

put executables in the right place

need a main file

a bit nicer

some more changes

some initial tests

lower case is nicer

link with fann

some build tools

some initial commits