src/genealgorithms.h

   1 /***************************************************************************
   2  *   Copyright (C) 2006 by Michael Andreen                                 *
   3  *   andreen@student.chalmers.se                                           *
   4  *                                                                         *
   5  *   This program is free software; you can redistribute it and/or modify  *
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   8  *   (at your option) any later version.                                   *
   9  *                                                                         *
  10  *   This program is distributed in the hope that it will be useful,       *
  11  *   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of        *
  12  *   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the         *
  13  *   GNU General Public License for more details.                          *
  14  *                                                                         *
  15  *   You should have received a copy of the GNU General Public License     *
  16  *   along with this program; if not, write to the                         *
  17  *   Free Software Foundation, Inc.,                                       *
  18  *   51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA          *
  19  ***************************************************************************/
  20
  21 #ifndef __GENEALGORITHMS_H__
  22 #define __GENEALGORITHMS_H__
  23
  24 #include <vector>
  25
  26 class GeneOrder;
  27 struct Component;
  28
  29
  30 struct Interval{
  31         Interval(size_t f,size_t s,bool o = false):first(f),second(s),oriented(o){}
  32         bool operator==(const Interval& i){
  33                 return first == i.first && second == i.second && oriented == i.oriented;
  34         }
  35         size_t first;
  36         size_t second;
  37         bool oriented;
  38 };
  39
  40 /**
  41  * Returns the length of the longest increasing sequence and the longest
  42  * decreasing sequence.
  43  */
  44 std::pair<int,int> longestSequences(const GeneOrder& go);
  45
  46 /**
  47  */
  48 std::vector<std::vector<int> > robinsonSchensted(const GeneOrder& go);
  49
  50 /**
  51  * Counts the number of cycles in the gene order.
  52  */
  53 size_t countCycles(const GeneOrder& go);
  54
  55 /**
  56  * Calculates the inversion distance for this gene order
  57  */
  58 size_t inversionDistance(const GeneOrder& go);
  59
  60 /**
  61  * Finds the components in the gene order.
  62  */
  63 std::vector<Component> findComponents(const GeneOrder& go);
  64
  65 /**
  66  * Find intervals.
  67  */
  68 std::vector<Interval> findIntervals(const GeneOrder& go);
  69
  70 /**
  71  * Creates a list with the intervals at each point.
  72  */
  73 std::vector<Interval> findIntervalsAtPoints(const std::vector<Interval>& intervals);
  74
  75 #endif
  76