src/genealgorithms.h

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   2  *   Copyright (C) 2006 by Michael Andreen                                 *
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  18  *   51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA          *
  19  ***************************************************************************/
  20
  21 #ifndef __GENEALGORITHMS_H__
  22 #define __GENEALGORITHMS_H__
  23
  24 #include <vector>
  25
  26 class GeneOrder;
  27 struct Component;
  28
  29 /**
  30  * Simple interval struct, holds the indexes + information if the interval is
  31  * oriented or not.
  32  */
  33 struct Interval{
  34         Interval(size_t f,size_t s,bool o = false):first(f),second(s),oriented(o){}
  35         bool operator==(const Interval& i){
  36                 return first == i.first && second == i.second && oriented == i.oriented;
  37         }
  38         size_t first;
  39         size_t second;
  40         bool oriented;
  41 };
  42
  43 /**
  44  * Returns the length of the longest increasing sequence and the longest
  45  * decreasing sequence.
  46  */
  47 std::pair<int,int> longestSequences(const GeneOrder& go);
  48
  49 /**
  50  * Uses the Robinson-Schensted algorithm on the gene order. Gives the longest
  51  * increasing and decreasing subsequences.
  52  */
  53 std::vector<std::vector<int> > robinsonSchensted(const GeneOrder& go);
  54
  55 /**
  56  * Counts the number of cycles in the gene order.
  57  */
  58 size_t countCycles(const GeneOrder& go);
  59
  60 /**
  61  * Calculates the inversion distance for this gene order
  62  */
  63 size_t inversionDistance(const GeneOrder& go);
  64
  65 /**
  66  * Finds the components in the gene order.
  67  */
  68 std::vector<Component> findComponents(const GeneOrder& go);
  69
  70 /**
  71  * Find intervals.
  72  */
  73 std::vector<Interval> findIntervals(const GeneOrder& go);
  74
  75 /**
  76  * Creates a list with the intervals at each point.
  77  */
  78 std::vector<Interval> findIntervalsAtPoints(const std::vector<Interval>& intervals);
  79
  80 #endif
  81