src/main.cpp

   1 #include <iostream>
   2 #include <vector>
   3 #include <queue>
   4 #include <iterator>
   5 #include <fstream>
   6
   7 using namespace std;
   8
   9 #include <unistd.h>
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  11 #include "geneorder.h"
  12 #include "modelidentifier.h"
  13 #include "genesorter.h"
  14 #include "sortaction.h"
  15 #include "genealgorithms.h"
  16 #include "model.h"
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  18 int main(int argc, char** argv){
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  20         string ann = "default.ann";
  21         Model model(0);
  22         bool detectModel = true;
  23
  24         int opt;
  25         while ((opt = getopt(argc, argv, "m:n:h")) != -1) {
  26                 switch (opt) {
  27                         case 'm':
  28                                 model = Model::modelFactory(optarg);
  29                                 detectModel = false;
  30                                 break;
  31                         case 'n':
  32                                 ann = optarg;
  33                                 break;
  34                         case 'h':
  35                                 cout << "Usage: " << argv[0] << " [OPTION] [FILE]" << endl
  36                                         << endl << "  -m <model> Specifies which model to use for sorting: Whirl, X, Zipper, FatX or Cloud "
  37                                         << endl << "  -n <ann>   Specifies which artificial neural network to use for identification. '" << ann << "' is used by default"
  38                                         << endl << "  -h         Prints this help message"
  39                                         << endl << endl
  40                                         << "With no FILE, or if FILE is '-', stdin will be used"
  41                                         << endl;
  42                                 exit(EXIT_SUCCESS);
  43                                 break;
  44                         default: /* '?' */
  45                                 cerr << "Usage:  " << argv[0] << " [-n <ann>] [-h] [FILE]" << endl;
  46                                 exit(EXIT_FAILURE);
  47                 }
  48         }
  49
  50         istream* in;
  51         ifstream file;
  52         if (optind == argc || *argv[optind] == '-'){
  53                 in = &cin;
  54         }else{
  55                 file.open(argv[optind]);
  56                 if (file.fail()){
  57                         cerr << "Could not open file: '" << argv[optind] << "'" << endl;
  58                         exit(EXIT_FAILURE);
  59                 }
  60                 in = &file;
  61         }
  62         //TODO: Parse
  63         vector<Gene> g;
  64         copy(istream_iterator<int>(*in), istream_iterator<int>(),
  65                      back_inserter(g));
  66         GeneOrder go(g.begin(),g.end());
  67
  68         //TODO: Identify
  69         ModelIdentifier mi(ann);
  70         priority_queue<pair<double,Model> > pq = mi.identify(go);
  71         if (detectModel){
  72                 model = pq.top().second;
  73         }
  74         while (pq.size() > 0){
  75                 cout << "Model: " << pq.top().second.name() << " score: " << pq.top().first << endl;
  76                 pq.pop();
  77         }
  78         cout << "Using model: " << model.name() << endl;
  79
  80         cout << "Distance: " << inversionDistance(go) << endl;
  81         //copy(go.begin(), go.end(), ostream_iterator<int>(cout, " "));
  82         //cout << endl;
  83
  84         //TODO: Chose a sorter
  85         GeneSorter so;
  86         //TODO: Sort
  87         GeneSorter::ActionList al = so.sort(go,model);
  88
  89         double score = 0;
  90         for (GeneSorter::ActionList::iterator sa = al.begin(); sa != al.end(); ++sa){
  91                 cout << "Action: " << sa->toString() << " model score: " << model.score(*sa,go) << endl;
  92                 score += model.score(*sa,go);
  93         }
  94         cout << "Avg score: " << score / al.size() << endl;
  95         //TODO: Print result
  96         return EXIT_SUCCESS;
  97 }