src/modelidentifier.h

   1 /***************************************************************************
   2  *   Copyright (C) 2006 by Michael Andreen                                 *
   3  *   andreen@student.chalmers.se                                           *
   4  *                                                                         *
   5  *   This program is free software; you can redistribute it and/or modify  *
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   9  *                                                                         *
  10  *   This program is distributed in the hope that it will be useful,       *
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  16  *   along with this program; if not, write to the                         *
  17  *   Free Software Foundation, Inc.,                                       *
  18  *   51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA          *
  19  ***************************************************************************/
  20
  21 #ifndef __MODELIDENTIFIER_H__
  22 #define __MODELIDENTIFIER_H__
  23
  24 #include "geneorder.h"
  25
  26 #include <queue>
  27 #include <string>
  28 #include <stdexcept>
  29
  30 struct fann;
  31 class Model;
  32
  33
  34 /**
  35  * Identifies the model this gene order belongs to
  36  * \author Michael Andreen
  37  */
  38 class ModelIdentifier{
  39         public:
  40
  41                 /**
  42                  * Creates a new identifier given an artificial neural network
  43                  *
  44                  * \param ann filename, including path, to the neural network
  45                  *
  46                  * \throws std::invalid_argument exception if the ann could not be
  47                  * opened
  48                  */
  49                 ModelIdentifier(std::string ann);
  50
  51                 /**
  52                  * Identifies the model for a given gene order.
  53                  *
  54                  * \returns a map with the model as key and the score between -1 and 1
  55                  */
  56                 std::priority_queue<std::pair<double,Model> > identify(const GeneOrder& go);
  57
  58                 ~ModelIdentifier();
  59         private:
  60                 fann* _ann;
  61
  62                 //disable for the moment
  63                 void operator=(const ModelIdentifier&){}
  64
  65 };
  66
  67 #endif
  68