src/genealgorithms.h

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   2  *   Copyright (C) 2006 by Michael Andreen                                 *
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   4  *                                                                         *
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  16  *   along with this program; if not, write to the                         *
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  18  *   51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA          *
  19  ***************************************************************************/
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  21 #ifndef __GENEALGORITHMS_H__
  22 #define __GENEALGORITHMS_H__
  23
  24 #include <vector>
  25
  26 class GeneOrder;
  27 struct Component;
  28
  29 /**
  30  * Simple interval struct, holds the indexes + information if the interval is
  31  * oriented or not.
  32  */
  33 struct Interval{
  34         Interval(size_t f,size_t s,bool o = false):first(f),second(s),oriented(o){}
  35         bool operator==(const Interval& i){
  36                 return first == i.first && second == i.second && oriented == i.oriented;
  37         }
  38         //!The start index for this elementary interval
  39         size_t first;
  40         //!The end interval for this elementary interval
  41         size_t second;
  42         bool oriented;
  43 };
  44
  45 /**
  46  * Returns the length of the longest increasing sequence and the longest
  47  * decreasing sequence.
  48  */
  49 std::pair<int,int> longestSequences(const GeneOrder& go);
  50
  51 /**
  52  * Uses the Robinson-Schensted algorithm on the gene order. Gives the longest
  53  * increasing and decreasing subsequences.
  54  */
  55 std::vector<std::vector<int> > robinsonSchensted(const GeneOrder& go);
  56
  57 /**
  58  * Counts the number of cycles in the gene order.
  59  */
  60 size_t countCycles(const GeneOrder& go);
  61
  62 /**
  63  * Calculates the inversion distance for this gene order
  64  */
  65 size_t inversionDistance(const GeneOrder& go);
  66
  67 /**
  68  * Finds the components in the gene order.
  69  */
  70 std::vector<Component> findComponents(const GeneOrder& go);
  71
  72 /**
  73  * Find intervals.
  74  */
  75 std::vector<Interval> findIntervals(const GeneOrder& go);
  76
  77 /**
  78  * Creates a list with the intervals at each point. The first and second members
  79  * of the returned Intervals are elementary intervals that start, or end, at the
  80  * specific point.
  81  */
  82 std::vector<Interval> findIntervalsAtPoints(const std::vector<Interval>& intervals);
  83
  84 #endif
  85