src/genealgorithms.h

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   2  *   Copyright (C) 2006 by Michael Andreen                                 *
   3  *   andreen@student.chalmers.se                                           *
   4  *                                                                         *
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   6  *   it under the terms of the GNU General Public License as published by  *
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   9  *                                                                         *
  10  *   This program is distributed in the hope that it will be useful,       *
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  13  *   GNU General Public License for more details.                          *
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  15  *   You should have received a copy of the GNU General Public License     *
  16  *   along with this program; if not, write to the                         *
  17  *   Free Software Foundation, Inc.,                                       *
  18  *   51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA          *
  19  ***************************************************************************/
  20
  21 #ifndef __GENEALGORITHMS_H__
  22 #define __GENEALGORITHMS_H__
  23
  24 #include <vector>
  25
  26 class GeneOrder;
  27
  28 struct Component{
  29         Component(int b,int e,int s):begin(b),end(e),sign(s){}
  30         int begin;
  31         int end;
  32         int sign;
  33 };
  34 typedef std::pair<size_t,size_t> Interval;
  35
  36 /**
  37  * Returns the length of the longest increasing sequence and the longest
  38  * decreasing sequence.
  39  */
  40 std::pair<int,int> longestSequences(const GeneOrder& go);
  41
  42 /**
  43  */
  44 std::vector<std::vector<int> > robinsonSchensted(const GeneOrder& go);
  45
  46 /**
  47  * Counts the number of cycles in the gene order.
  48  */
  49 int countCycles(const GeneOrder& go);
  50
  51 /**
  52  * Finds the components in the gene order.
  53  */
  54 std::vector<Component> findComponents(const GeneOrder& go);
  55
  56 /**
  57  * Find intervals.
  58  */
  59 std::vector<Interval> findIntervals(const GeneOrder& go);
  60
  61 /**
  62  * Creates a list with the intervals at each point.
  63  */
  64 std::vector<Interval> findIntervalsAtPoints(const std::vector<Interval>& intervals);
  65
  66 #endif
  67