src/genealgorithms.h

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   2  *   Copyright (C) 2006 by Michael Andreen                                 *
   3  *   andreen@student.chalmers.se                                           *
   4  *                                                                         *
   5  *   This program is free software; you can redistribute it and/or modify  *
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   7  *   the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or     *
   8  *   (at your option) any later version.                                   *
   9  *                                                                         *
  10  *   This program is distributed in the hope that it will be useful,       *
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  13  *   GNU General Public License for more details.                          *
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  15  *   You should have received a copy of the GNU General Public License     *
  16  *   along with this program; if not, write to the                         *
  17  *   Free Software Foundation, Inc.,                                       *
  18  *   51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA          *
  19  ***************************************************************************/
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  21 #ifndef __GENEALGORITHMS_H__
  22 #define __GENEALGORITHMS_H__
  23
  24 #include <vector>
  25
  26 class GeneOrder;
  27
  28 struct Component{
  29         Component(int b,int e,int s):begin(b),end(e),sign(s){}
  30         bool operator==(const Component& c){
  31                 return begin == c.begin && end == c.end && sign == c.sign;
  32         }
  33         int begin;
  34         int end;
  35         int sign;
  36 };
  37 typedef std::pair<size_t,size_t> Interval;
  38
  39 /**
  40  * Returns the length of the longest increasing sequence and the longest
  41  * decreasing sequence.
  42  */
  43 std::pair<int,int> longestSequences(const GeneOrder& go);
  44
  45 /**
  46  */
  47 std::vector<std::vector<int> > robinsonSchensted(const GeneOrder& go);
  48
  49 /**
  50  * Counts the number of cycles in the gene order.
  51  */
  52 size_t countCycles(const GeneOrder& go);
  53
  54 /**
  55  * Finds the components in the gene order.
  56  */
  57 std::vector<Component> findComponents(const GeneOrder& go);
  58
  59 /**
  60  * Find intervals.
  61  */
  62 std::vector<Interval> findIntervals(const GeneOrder& go);
  63
  64 /**
  65  * Creates a list with the intervals at each point.
  66  */
  67 std::vector<Interval> findIntervalsAtPoints(const std::vector<Interval>& intervals);
  68
  69 #endif
  70