src/geneorder.cpp

   1 /***************************************************************************
   2  *   Copyright (C) 2006 by Michael Andreen                                 *
   3  *   andreen@student.chalmers.se                                           *
   4  *                                                                         *
   5  *   This program is free software; you can redistribute it and/or modify  *
   6  *   it under the terms of the GNU General Public License as published by  *
   7  *   the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or     *
   8  *   (at your option) any later version.                                   *
   9  *                                                                         *
  10  *   This program is distributed in the hope that it will be useful,       *
  11  *   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of        *
  12  *   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the         *
  13  *   GNU General Public License for more details.                          *
  14  *                                                                         *
  15  *   You should have received a copy of the GNU General Public License     *
  16  *   along with this program; if not, write to the                         *
  17  *   Free Software Foundation, Inc.,                                       *
  18  *   51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA          *
  19  ***************************************************************************/
  20
  21 #include <algorithm>
  22 #include <stdexcept>
  23 #include <cstdlib>
  24 using namespace std;
  25
  26 #include "geneorder.h"
  27
  28 /**
  29  * \file GeneOrder.cpp
  30  * Implements the GeneOrder class
  31  *
  32  * \author Michael Andreen
  33  */
  34
  35
  36 GeneOrder::GeneOrder(const GeneOrder& go){
  37         _geneorder = go._geneorder;
  38 }
  39
  40 void GeneOrder::pad(){
  41         if (_geneorder[0] != 0)
  42                 _geneorder.insert(_geneorder.begin(),0);
  43         if(_geneorder.back() != static_cast<Gene>(_geneorder.size() - 1))
  44                 _geneorder.push_back(_geneorder.size());
  45 }
  46
  47 struct Abs{
  48         Gene operator()(Gene x) const{
  49                 return abs(x);
  50         }
  51 };
  52
  53 void GeneOrder::verify(){
  54         if(_geneorder[0] != 0)
  55                 throw invalid_argument("Permutation doesn't start with 0");
  56         if ( _geneorder.back() != static_cast<Gene>(_geneorder.size() - 1))
  57                 throw invalid_argument("Permutation doesn't end with n+1");
  58
  59         GeneList genes(_geneorder);
  60         transform(genes.begin(),genes.end(),genes.begin(),Abs());
  61         sort(genes.begin(),genes.end());
  62         if (unique(genes.begin(),genes.end()) != genes.end())
  63                 throw std::invalid_argument("Not all genes are present exactly 1 time");
  64 }
  65
  66
  67 GeneOrder::~GeneOrder(){
  68 }
  69
  70 const GeneOrder& GeneOrder::operator=(const GeneOrder& go){
  71         _geneorder = go._geneorder;
  72         return *this;
  73 }
  74
  75 /**
  76  * Check so i is in the valid range, then return the gene.
  77  */
  78 const Gene& GeneOrder::operator[](size_type i) const{
  79         if (i < 0 || i >= _geneorder.size())
  80                 throw out_of_range("Indexis not in valid range");
  81         return _geneorder[i];
  82 }
  83
  84 GeneOrder::size_type GeneOrder::size() const{
  85         return _geneorder.size();
  86 }
  87
  88 const GeneOrder::GeneList& GeneOrder::list() const{
  89         return _geneorder;
  90 }
  91
  92
  93 GeneOrder::iterator GeneOrder::begin() const{
  94         return _geneorder.begin();
  95 }
  96
  97 GeneOrder::iterator GeneOrder::end() const{
  98         return _geneorder.end();
  99 }
 100
 101 struct Sign{
 102         Gene operator()(Gene x) const{
 103                 return x*-1;
 104         }
 105 };
 106
 107 void GeneOrder::reverse(size_type i, size_type j){
 108         if (i > j)
 109                 throw out_of_range("i can't be bigger than j");
 110         if (i < 0)
 111                 throw out_of_range("Index i is not in valid range");
 112         if (j >= _geneorder.size())
 113                 throw out_of_range("Index j is not in valid range");
 114         GeneList::iterator begin = _geneorder.begin()+i;
 115         GeneList::iterator end = _geneorder.begin()+j+1;
 116
 117         transform(begin,end,begin,Sign());
 118         std::reverse(begin,end);
 119 }